L'équipe d'Alter Eco réalise l'ensemble du suivi : du repérage matériel des espèces et milieux sensibles après constat, à la concertation avec les acteurs concernés, le suivi régulier de l'avancée des travaux, jusqu'à la réception finale du chantier et du rendu d'un rapport de mission.
Ces suivis écologiques peuvent être fait dans le cadre de projets d'aménagement (captages AEP, routes, pistes, chantiers éoliens...), de restauration d'un ouvrage existant (ligne haute tension, pont...) ou de projets forestiers...