L'équipe d'Alter Eco réalise aussi bien des inventaires chiroptérologiques dans le cadre de l'amélioration de la connaissance d'un territoire à différentes échelles (Communes, communautés de communes, ENS, sites en gestion...), que dans l'objectif d'états initiaux, de hiérachisation des enjeux et sensibilités, d'évaluation des impacts ou incidences potentiels (projets d'aménagement, dossiers concernant Natura 2000...)
Ces études et inventaires peuvent porter sur différents cycles des espèces (période de reproduction, hibernation, migration), toujours accompagnés d'une analyse des données disponibles et rendus sous forme de rapport illustré.